Die MacFarlanes führen ihre Herkunft auf Gilchrist zurück, den Bruder des Maldowen, 3. Earl of Lennox im 13. Jh. Gilchrists Urenkel wurde Barholomew genannt, von dessen gälischer Entsprechung Parlan, der Clan seinen Namen ableitete. Parlans Sohn Malcolm wird in einer frühen Urkunde, in der sein Landbesitz von Arrochar bestätigt wird, als MacParlan bezeichnet.

Duncan MacFarlane, 6. Chief des Clans, erhielt vom Earl of Lennox eine Urkunde, in der sein Besitzrecht an Arrochar weiter bestätigt wird, und 1395 erwarb er viele der angrenzenden Länder durch Heirat. Als die letzten der alten Earls of Lennox ohne männliche Erben starben, erhoben die MacFarlanes Anspruch auf den Grafenstand. Dennoch ging dieser auf die Stewarts of Darnley über. Das führte zu einer langen Feindschaft zwischen den MacFarlanes und den Stewarts, die erst endete, als im 15. Jh. Andrew MacFarlane eine Tochter des Earl of Lennox heiratete.

Im 16. Jh. kämpften die MacFarlanes in vielen Schlachten an der Seite der Earls of Lennox. Duncan MacFarlane kämpfte 1544 in der Schlacht von Glasgow Muir zusammen mit dem Earl of Lennox, und wurde später 1547 in der Schlacht von Pinkie getötet. Die MacFarlanes kämpften gegen Mary Queen of Scots 1568 in der Schlacht bei Langside, in der sie sich rühmten, drei Standarten der Queen erobert zu haben.

Im 16. Jh. brachten die häufigen Raubzüge und ihre Zusammenarbeit mit den MacGregors den MacFarlanes eine nicht gerade beneidenswerte Beachtung. Da ihre Raubzüge gewöhnlich in sternklaren Nächten stattfanden, nannte man den Mond in der Region um Loch Lomond bald ‚MacFarlane's Lantern'. Durch einen Beschluss von 1594 wurden die MacFarlanes als Diebe, Räuber und Erpresser gebrandmarkt. Im 17. Jh. wurde der Clansname geächtet und die Ländereien der MacFarlanes als enteignet erklärt. Einige Clansmitglieder wanderten nach Irland aus, einige nach Amerika. Walter, 20. Chief, der 1767 starb, war einer der berühmtesten Altertumsforscher und Stammbaumforscher seiner Zeit.